Quelques dizaines d'années sont passées depuis les aventures de Yugi et ses compagnons. La ville dans laquelle ils ont vécu s'appelle à présent « Neo Domino City ». C'est une ville hiérarchisée, où la haute société et la basse classe sont clairement scindées. Yûsei Fudô habite Satellite, la partie peu favorisée. Yûsei est un duelliste qui pratique le « Riding Duel », un combat de Duel de Monstres sur des motos appelées D-Wheel (version évoluée du disque de duel). Alors qu'il sort vainqueur d'un duel contre un ami, il est soudain confronté à un étrange adversaire qui ressemble à un monstre sorti des cartes.C'est un personnage légendaire qui est censé offrir une carte puissante à celui qui lui en aura fait la demande. Pourtant personne ne croyait en son existence réelle...

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