1831. Charles Darwin, 22 ans, tout juste diplômé de Cambridge, est un passionné de la nature. Sur la recommandation de son professeur d'université, il embarque comme naturaliste à bord du Beagle, un navire de Sa Majesté lancé dans une mission scientifique de plusieurs années autour du globe. Débute alors une relation turbulente avec le commandant Fitz Roy qui partage son goût pour les sciences et les découvertes, mais moins ses idées humanistes... 
Au cours de son voyage, Darwin sera constamment émerveillé par la beauté de la nature et sa diversité. Elevé dans la plus pure tradition chrétienne, il verra sa foi mise à l'épreuve par ses différentes observations. Pourquoi Dieu a-t-il créé et détruit autant d'espèces ? Christian Clot et Fabio Bono entament un diptyque consacré à Darwin et à son périple scientifique à bord du Beagle. Voyage durant lequel il posera les bases desa célèbre Théorie de l'évolution quiébranlera les convictions religieuses de l'époque.