Kazuya a intégré l'académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeurdécédée. Après avoir dû faire face aux défis des pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues se rapprochent de plus en plus. Alors que la guerre contre les Nova devient de plus en plus meurtrière, les humains décident d'officialiser le plan-E qui vise à créer des Pandora artificiellement.

Mais les E-pandora sont confrontées à une réalité si cruelle qu'elles se révoltent. Satellizer décide alors de les soutenir, mais elle se retrouve face à la célèbre Shiffon Fairchild , qui vient comme elle de West Genetics.

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