Quelque part dans les mers du sud se trouve un îlot qui héberge la Duel Academia, l'établissement où l'on forme l'élite de la prochaine génération de duelliste. Jûdaï se passionne pour les duels à la suite de sa rencontre avec l'ancien champion du monde Kôyô Hibiki. De sa rencontre, il héritera un jeu de cartes qui l'aidera à poursuivre son but : devenir un authentique duelliste ! Pour ce faire, il va aiguiser son sens du jeu en affrontant ses nouveaux camarades et rivaux en duel ! Jûdaï sait que sa carte qui contient un esprit attire la convoitise d'une mystérieuse ombre noire... Il décide alors de fortifier et de recomposer son jeu de cartes pour se lancer dans le tournoi organisé pas l'école contre des élèves de la Duel Academia America. Les duels s'enchaînent à toute allure et Jûdaï vient de remporter une victoire sur Amon Garam... Tandis que l'ombre se fait de plus en plus omniprésente !

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